两个系统的软件不通用，对于国内的情况来说，Windows软件丰富的程度要远远大于Linux
驱动程序支持更是如此，比如ATI的显卡一直没有很好的Linux驱动支持。
另外使用习惯上也有很大区别，Windows下面我们需要使用一个软件总是习惯去下载一个安装上就好了。我们会找一些破解版本来免费使用
Liunx下面没有那么舒服，要自己下载，自己配置，很大一部分软件还需要自己编译。但是软件都是开源的免费的。没有使用盗版的心理负担
另外就是很多人习惯的Windows软件是没有Linux版的，比如Office，你要学着使用不同的OpenOffice
没有QQ和IE，要习惯使用Firefox和LameQQ，没有PhotoShop，要学会GIMP。
最严重的一点是游戏支持，大部分游戏都没有发行Linux版本，包括WOW也只是有Mac OS X版本。
当然你可以在Linux下面使用Wine来运行部分Windows程序。
换句话说，除非你满足于Linux预装很少一部分的软件功能，否则你必须有足够的毅力和计算机知识来驾驭和使用这个系统。用Linux来作为桌面应用的，应该都是高级电脑玩家