现象是原来安装了的Microsoft Windows 2000 Advanced Server简体中文版，并已经安装了SP4和所有最新的补丁，使用正常。
后来安装了Microsoft Windows Server 2003, Enterprise Edition 简体中文版，并安装了SP1和所有最新的补丁，使用正常。
两个系统装在不同的NTFS分区D，E，引导分区C为FAT。可是在安装完2003后，就不能引导windows 2000了，错误是：
“Windows NT could not start because the following file is missing or corrupt:
\WINNT\SYSTEM32\CONFIG\SYSTEM ”
在网上找到相关文章
http://support.microsoft.com/kb/306038/en-us
http://support.microsoft.com/kb/265509/en-us
http://support.microsoft.com/kb/302594/en-us
我的win2000的\WINNT\SYSTEM32\CONFIG\SYSTEM文件有5M。按上面的说法，我整理了win2000所在分区的磁盘文件碎片，SYSTEM文件已经无碎片，可是问题依然不能解决，换用备份的SYSTEM文件，大小为2M多，就没问题了，但这不能解决问题呀，安装完软件后SYSTEM文件仍然会达到5M的水平，问题依旧。换回win2000的ntldr,和NTDETECT.COM也能正常启动win2000了，但这样就不能用win2003了。这是不是win2003的引导程序ntldr的BUG呀，我该怎么解决这问题？谢谢
我已经部分解决了这个问题，已经可以确认是SYSTEM文件过大造成。
SYSTEM文件过大的原因应该是以前由于某些原因系统不能正常启动，我在启动时操作了“最后一次正确配置”，从而造成SYSTEM文件中的ControlSetXXX分支多达3组。把HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\Select中Failed键值所标明的那组删了并把键值置0，然后用第三方软件整理注册表，使SYSTEM文件从5.82M减小到3.88M。这样操作后，在Windows
Server 2003的boot loader环境下已经能正常启动Windows Server 2000。
由于时间的关系，我只好先这么处理。从种种现象看，既然有http://support.microsoft.com/default.aspx/kb/302594/en-us
中所说的改进，为何还会出这种问题，而Windows Server 2000的Boot
loader却不会出现，不知是改进还是倒退？希望MS能尽快彻底解决这个问题。