俺觉得你需要先清楚自己要做什么，再考虑怎么做。。。
网站中用到MD5通常是在密码加密中，因为密码如果明文保存在数据库中是非常不安全的，网站的管理人员不怀好意或者数据库内容泄露，那密码就泄露了。一般的方法是，将密码通过MD5之类的算法进行加密，加密后再存入数据库中就不怕会被泄露。
比如一个用户注册时，账号：abc123，密码：pw123，在程序中将 "pw123" 通过MD5算法换算成形如“ESFD⚰FFA342DFAFAE” 的MD5码，将这段MD5码保存到数据库中，在用户登录网站时输入密码"pw123" 时程序将它进行MD5转码，把这段MD5码跟数据库中的比较，如果相同就是正确的密码。
asp.net 中，可以自己定义MD5算法的实现，或者使用 .net framework 中自带的静态方法
var pw = System.Web.Security.FormsAuthentication.HashPasswordForStoringInConfigFile("我是密码", "MD5"); // 方法返回MD5加密后的字符串